Il teatro anatomico è stato voluto da Girolamo Fabrici d’Acquapendente, docente di anatomia sul finire del Cinquecento. Inaugurato il 16 gennaio 1595, c’è chi dice che a progettarlo sia stato fra Paolo Sarpi, allievo e amico di Fabrici, ma non v’è certezza. Il teatro occupa due piani del palazzo, dove prima c’era un solaio. La struttura a forma di cono rovesciato, che ricorda il cannocchiale di Galileo o la forma dell’occhio, ha un fine ben preciso: la concentrazione dell’attenzione sul cadavere. L’autopsia era uno spettacolo pubblico, si vendevano persino i biglietti per assistere e a volte suonava un’orchestra: i soldi raccolti con le vendite andavano a contribuire alle spese per le esequie dei corpi sezionati, che si svolgevano nella chiesa di San Martino.