Da giovedì 1 luglio, i primi FlixBus alimentati a biogas faranno il loro debutto sulle rotte internazionali che collegano Amsterdam con Bruxelles e Stoccolma con Oslo e le stime sono di una riduzione delle emissioni di CO2 pari al 75 per cento. L'autobus impiegato fra Amsterdam e Bruxelles è stato prodotto da Iveco e sarà alimentato a BioCNG (gas naturale compresso), grazie all'accordo con OG (OrangeGas). Il mezzo che sarà operativo sulla rotta fra Stoccolma e Oslo è stato prodotto da Scania, e sarà alimentato a BioLNG (gas naturale liquefatto) grazie all'accordo con Gasum.

Flixbus ha testato, a partire dal 2018, i primi autobus 100% elettrici in Germania, Francia e Stati Uniti, ha ufficializzato nel 2019 l'accordo con Freudenberg per realizzare il primo autobus a idrogeno e ha sperimentato l'installazione di pannelli solari sulla rotta Londra-Dortmund, con un risparmio del carburante pari al 7%. Tutti i convogli utilizzati per il servizio di FlixTrain sono alimentati al 100% da elettricità green